Setelah purnabakti dari pemerintahan Indonesia, Frits berkhdimat sebagai aktivis Gereja Kristen Injil (GKI) Papua. Frits mengisi waktunya dengan berkhotbah dan mengabdikan diri untuk kemajuan masyarakat Papua. Di senjakalanya, Frits sempat menetap di Jakarta selama sepuluh tahun. Dia pernah menjadi asisten Freddy Numberi, putra Papua yang menjabat Menteri Kelautan dan Perikanan lalu Menteri Perhubungan era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono.
Frits Maurits Kirihio wafat di Jayapura pada 12 Agustus 2018. Dia meningalkan nama harum sebagai orang Papua pertama bergelar sarjana, salah satu putra terbaik yang dimiliki Papua. Sosok ini pula yang punya jasa bagi Republik Indonesia dalam penyatuan Papua namun sayangnya terlupakan.***